A história se passa em torno de Ookami Ryouko, uma garota do primeiro ano do colégio, conhecida pela sua aparência feroz, um incomum dente canino quando ela sorri, e comportamento selvagem (seu sobrenome é homônimo com a palavra japonesa para “lobo”). Akai Ringo é uma garota baixinha do primeiro ano do colégio que parece fofinha, com uma aparência angelical, más um comportamento obscuro (seu nome é um jogo de palavras japonêsas com “maçã” e “chapéuzinho vermelho”). Juntas com os seus estranhos amigos, as duas lutam para mudar o mundo, uma questão de cada vez.